Лама Еше учился в Сера до двадцатипятилетнего возраста. Там он получил духовное образование, основанное на традиции, принесённой в Тибет из Индии и имеющей более чем тысячелетнюю историю. Кьябдже Трижданг Ринпоче, младший наставник Его Святейшества Далай-ламы, передал ему учения ламрим о постепенном пути к просветлению – весь путь сутры, ведущий к достижению состояния будды. Кроме того, он получил множество тантрических посвящений и наставлений как от младшего наставника Его Святейшества, так и от старшего – Кьябдже Линга Ринпоче, а также от Дагри Дордже Чанга Ринпоче, Зонга Ринпоче, Лхацун Дордже Чанга Ринпоче и многих других великих учителей и знатоков медитации.

Тантрические учения, переданные ламе Еше, представляют собой мощный и стремительный путь к обретению полностью пробуждённого и очищенного сознания, различные аспекты которого представлены широким спектром тантрических медитационных божеств. Он получил разрешение на практику тантрических божеств Херуки, Ваджрабхайравы и Гухьясамаджи, которые являются воплощением сострадания, мудрости и искусных средств – качеств полностью просветлённого ума. Кроме того, лама изучал знаменитые Шесть йог Наропы, следуя комментарию, основанному на личном духовном опыте Дже Цонкапы.

Среди других учителей, наставлявших его на духовном пути, следует отметить геше Тубтена Вангчуга Ринпоче, геше Лхундруба Сопу Ринпоче, геше Рабтена и геше Нгаванга Гендуна. В возрасте восьми лет лама Еше принял обеты монаха-послушника от досточтимого Пурчога Джампы Ринпоче. В течение долгих лет ученичества лама Еше постоянно молился о том, чтобы в будущем обрести возможность даровать умиротворяющее благо духовной практики всем, кто лишён Дхармы.

Этот этап его образования завершился в 1959 году. Вот как вспоминал об этом сам лама Еше: «В тот год китайцы милостиво дали нам понять, что для нас пришло время покинуть Тибет и открыть для себя окружающий мир». Лама бежал из Тибета через Бутан и со временем добрался до Северной Индии, где присоединился к тысячам других тибетских беженцев. В лагере беженцев Баксадвар он продолжил своё обучение, прерванное китайской оккупацией. В Тибете он успел пройти курс обучения праджняпарамите (совершенству запредельной мудрости), философии мадхьямаки (Срединного пути) и логике. В Индии, следуя традиционной учебной программе, он изучил курс винаи (свода этических норм дисциплинарного характера) и метафизической системы абхидхармы. Помимо этого великий бодхисаттва Тензин Гьялцен Куну-лама передал ему учения по «Бодхисаттвачарья-аватаре» («Вступление на путь деяний бодхисаттвы») Шантидевы и «Бодхипатхапрадипы» («Светильник на пути к пробуждению») Атиши. Он также получил дополнительные тантрические посвящения, прослушал комментарии к ним, а в возрасте двадцати восьми лет принял полные монашеские обеты от Кьябдже Линга Ринпоче.

Одним из духовных учителей ламы Еше как в Тибете, так и в Баксадваре был геше Рабтен – высокообразованный философ и йогин, прославившийся глубиной своего сосредоточения и отточенностью логического мышления. У этого сострадательного наставника был ещё один ученик – Тубтен Сопа Ринпоче, который по распоряжению своего гуру стал также получать наставления и от ламы Еше. Сопа Ринпоче в ту пору был совсем ещё ребёнком, и прислужник, который заботился о мальчике, очень хотел отдать его в постоянное ученичество к ламе Еше. Его мечта осуществилась после того, как Кьябдже Триджанг Ринпоче дал на это своё благословение, и с тех пор лама Еше и Сопа Ринпоче стали неразлучны.