После ликвидации польской и шведской интервенции правительство царя Михаила Федоровича пыталось восстановить войско в прежнем составе и организации. Численность поместного ополчения была доведена до 50 тыс. чел. Однако интересы государства требовали более совершенной организации вооруженных сил. В 1630-х правительство решило провести реорганизацию армии. С 1632 появились "полки нового строя" (солдатские, рейтарские, драгунские). В солдатские полки в 1658-60 было призвано 70-80 тыс. даточных людей. В результате реформ 1660-80-х полки "нового строя" и стрелецкие полки стали основой русской армии. Численность этих войск к 1681 превысила 90 тыс. чел. Служба в полках "нового строя" была обязательной и пожизненной. Будучи постоянной военной организацией на содержании государства, эти войска впоследствии стали основой создания русской регулярной армии. Большую роль в подготовке перехода к регулярной армии сыграло образование постоянных войсковых соединений - разрядных (военно-окружных) полков, состоявших из нескольких солдатских, драгунских и рейтарских полков. Сочетание в составе войска в этот период поместного ополчения, стрельцов и полков "нового строя" тормозило развитие лучшей организации войска и препятствовало повышению его боеспособности. Управление вооруженными силами было весьма сложным, т.к. его осуществляли многочисленные приказы (к 1680-м их было не менее 18). Реформа 1682 сосредоточила военное управление в трех основных приказах - Разрядном, Рейтарском и Иноземном, подчинив эти приказы единому руководству. Однако реформа оказалась неустойчивой и не была полностью осуществлена.

После воссоединения Малороссии с Россией в 1654 в состав вооруженных сил Русского государства вошло войско Малороссии. В основу административного устройства и управления Малороссией была положена военно-территориальная организация. Казацкая служба становилась пожизненной и наследственной. Во 2-й пол. XVII в. на территории Малороссии существовало 17 казацких полков, численность войска доходила до 60 тыс. чел.